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Last updated: March 26, 2018.

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Basic statistics part 4: understanding P values

A very good explanation of P values from a fellow Biologist! Really pleasant reading that accurately describes the importance of this metric in Science.

The Logic of Science

If you’ve ever read a scientific paper, you’ve probably seen a statement like, “There was a significant difference between the groups (P = 0.002)” or “there was not a significant correlation between the variables (P = 0.1138),” but you may not have known exactly what those numbers actually mean. Despite their prevalence and wide-spread use, many people don’t understand what P values actually are or how to deal with the information that they give you, and understanding P values is vital if you want to be able to comprehend scientific results. Therefore, I am going to give a simple explanation of how P values work and how you should read them. I will try to avoid any complex math so that the basic concepts are easy for everyone to understand even if math isn’t your forte.

Note: for the sake of this post, I am not going to enter into…

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Tutorial: Desenho de Primers para qPCR | qPCR Primer design tutorial

Vídeo

Desenhar bons primers exige um bom conhecimento de biologia molecular, da técnica que esses primers vão ser utilizados e, especialmente, das ferramentas utilizadas. São muitos parâmetros e é fácil ficar perdido e desenhar um primer inespecífico, ou que forme estruturas secundárias entre si, inutilizando-o para a aplicação desejada. Além disso, um bom primer é aquele que foi desenhado com uma finalidade muito bem determinada, uma vez que temos diversas variações de PCR tanto convencional quanto em tempo real (qPCR).

Pensando nisso, fiz um tutorial abordando o desenho de primers na ferramenta PrimerBlast tool, MFEPrimer e IDT Oligo Analyzer. Essa é a minha primeira escolha para primers de média-grande complexidade e que uso diariamente, sem contar que já foram mais de 200 primers desenhados com este protocolo e/ou variações dele.

Cabe ressaltar que os primers que serão obtidos a partir deste vídeo tutorial são específicos para amplificação de cDNA (obtidos através da transcrição reversa do mRNA); portanto, são para aplicações de quantificação de expressão gênica. Claro que, com um pouco de conhecimento é possível otimizar os parâmetros e amplificar DNA genômico (gDNA) tanto por qPCR quanto por PCR convencional. Todavia, atente-se que esses alvos não são favorecidos usando as configurações demonstradas aqui.

São dois vídeos, o primeiro é denominado como “Easy Case”, uma vez que trata-se de um gene fácil de trabalhar. O segundo vídeo é uma demonstração do desenho de primers para um gene mais trabalhoso, o qual requer muito mais testes para obtenção de um primer específico e ótimo. Por ora, apenas o primeiro vídeo encontra-se editado e online, assim que o segundo vídeo ficar disponível esta postagem será atualizada. Contudo, eles são independentes. 

Part 1 – Primer Design for qPCR Gene Expression with NCBI’s PrimerBlast Tool – Easy case thoroughly! 

Part 2 – Primer Design for qPCR Gene Expression with NCBI’s Primer Blast Tool – Hard Case – Demo. 

***** Coming soon *****

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Do you have any questions? Please, leave a comment! 

 

 

Falhas geram vulnerabilidade nos processadores Intel, AMD e ARM

Pesquisadores identificaram falhas nos microprocessadores que comprometem a segurança de computadores no mundo todo. As duas falhas, nomeadas de Meltdown e Spectre, permitem invasores acessarem partes da memória protegidas pelo microprocessador, isto é, acesso à informações sensíveis. Além disso, a falha também afeta smartphones, servidores em nuvem (ex. Amazon AWS, Azure etc.) e computadores pessoais.  Continuar lendo

Nature’s Statistics for Biologists | Bioestatística para biólogos

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Image: ILLUSTRATION BY PETE ELLIS/DRAWGOOD.COM from Nature

A Nature publicou ao longo de um tempo vários textos sobre bioestatística, abordando assuntos desde o desenho experimental até Teorema de Bayes e ANOVA. Eu recomendo fortemente a leitura de todos eles se você trabalha com biologia experimental, seja na pesquisa biomédica ou no campo da biologia comportamental, ecologia, ou qualquer disciplina quantitativa que dependa de estatística inferencial. Abaixo o link da publicação original. Caso algum dos artigos esteja indisponível, deixe um comentário e eu disponibilizarei o arquivo.

https://www.nature.com/collections/qghhqm/pointsofsignificance

Boa leitura!

8 Erros comuns na análise de dados de expressão gênica obtidos por PCR em tempo real (qPCR)

Os dados produzidos por experimentos com PCR convencional são em sua maioria qualitativos, no máximo, semi-quantitativos. Por outro lado, com o advento da PCR em tempo real e seus dados quantitativos, novos desafios sobre como analisar esses dados surgiram. O que antes era relatado como banda visível ou invisível, ou seja, amplificação e não amplificação, perdeu lugar para expressão relativa, valor indeterminado, amplificação no Ct X com threshold em 0.02, entre várias outras possibilidades.

Em se tratando de qPCR para quantificação da expressão gênica, onde métodos ainda mais elaborados são necessários, alguns erros comumente são cometidos. Com isso, devemos ser cautelosos com a forma com que os dados gerados por essa técnica são analisados, uma vez que algumas particularidades podem fazer grande diferença nos resultados obtidos. Neste post irei falar de alguns erros comuns que tenho visto quando se tratando da análise e apresentação dos dados de qPCR, especialmente para estudos de expressão gênica. Ao mesmo tempo, tento sugerir referências que possam auxiliar nesse processo. Se você tem alguma dúvida, fique a vontade para perguntar.

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How to cite the GTEx project

Great comment from Lior Patcher on the GTEx project! A must read if you work with transcriptomics and tissue-sh gene expression.

Bits of DNA

The GTEx consortium has just published a collection of papers in a special issue of Nature that together provide an unprecedented view of the human transcriptome across dozens of tissues. The work is based on a large-scale RNA-Seq experiment of postmortem tissue from hundreds of human donors, illustrated in Figure 1 of the overview by Ward and Gilad 2017:

550190a-f1

The data provide a powerful new opportunity for several analyses, highlighted (at least for me) by the discovery of 673 trans-eQTLs at 10% genome-wide FDR. Undoubtedly more discoveries will be published when the sequencing data, available via dbGAP, is analyzed in future studies. As a result, the GTEx project is likely to garner many citations, both for specific results, but also drive-by-citations that highlight the scope and innovation of the project. Hopefully, these citations will include the key GTEx paper:

Carithers, Latarsha J, Ardlie, Kristin, Barcus, Mary, Branton…

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Your Biomarker doesn’t work (and a case for reproducible research)!

Sequencing QC and data analysis blog

We have all hear about those “breakthrough biomarkers” that.. simply.. do not work!
There have been numerous reports in the literature that investigate why certain biomarkers don’t work after all.
But before discussing the reasons for failed biomarkers, let me give some examples of disease biomarkers that have been successfully used for diagnosis, prognosis or monitoring. For example:

  • The diagnosis of diabetes is based on the level of glucose in serum after 12 hours of fasting
  • Rubidium chloride is used in isotopic labeling to evaluate perfusion of heart muscle
  • The level of serum creatinine is a great indicator of renal function.
  • cholesterol values are a biomarker and risk indicator for coronary and vascular disease
  •  C-reactive protein (CRP) is a marker for inflammation.

A paper from (Eleftherios P. Diamandis (2010)) shows a few examples of “highly publicized biomarkers” that were never possible to validate. Among the many reasons for…

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Como o Sci-Hub funciona

Olá,

Aproveitando a repercursão que o SciHub tem criado, somado aos equívocos quanto ao seu funcionamento, decidi escrever brevemente sobre isso. Assim, espero conseguir esclarecer um pouco de como o Sci-Hub funciona, técnicamente falando. Por fim, esclareço que as informações aqui descritas são uma simplflicação da descrição de Alexandra Elbakyan, a fundadora do projeto.

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O que é o p-valor? (P-value)

Antes de começar, saliento que mais importante do que saber o que é o P-valor, é saber o que ele não é! Aliás, muitos pesquisadores das ciências biológicas/biomédicas acreditam que ele tem mais importância do que, de fato, tem. Portanto, abaixo deixo minhas reflexões à respeito da estatística mais calculada em toda a ciência e o porque devemos ser cautelosos com sua interpretação.

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